Испания, 1944 год. В густых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, десятилетняя мечтательница с богатым воображением, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Здесь командует её новый отчим — капитан Видаль, безжалостный офицер франкистской армии, одержимый идеей уничтожения повстанцев. В этом суровом мире девочка находит утешение в сказках и неожиданно обнаруживает поблизости таинственный заброшенный лабиринт.
Внутри древнего сооружения Офелию встречает волшебная фея, которая приводит её к Фавну — хранителю подземного царства. Загадочное существо открывает девочке невероятную тайну: оказывается, она — давно потерянная принцесса магического королевства, чей отец веками искал свою наследницу. Чтобы вернуться в родные чертоги, Офелия должна до полнолуния выполнить три трудных испытания, храня свои приключения в строжайшей тайне ото всех.